Durante la Segunda Guerra Mundial, la guerra de submarinos fue el componente principal de la Batalla del Atlántico, que comenzó en 1939 y terminó con la rendición de Alemania en 1945.
En las primeras etapas de la guerra, los submarinos fueron extremadamente efectivos en la destrucción de la navegación aliada debido a la gran brecha en la cobertura aérea del Atlántico medio. El comercio transatlántico de suministros de guerra y alimentos fue amplio y fundamental para la supervivencia del Reino Unido. La acción continua que rodea al transporte marítimo británico se conoció como la Batalla del Atlántico, ya que los británicos desarrollaron defensas técnicas como ASDIC y el radar, y los submarinos alemanes respondieron cazando en lo que se denominó "manadas de lobos", por la que varios submarinos permanecerían juntos, haciéndoles más fácil hundir un objetivo específico.
La situación vulnerable del transporte marítimo del Reino Unido existió hasta 1942, cuando las mareas cambiaron cuando la marina mercante y la marina de Estados Unidos entraron en la guerra, aumentando drásticamente la cantidad de tonelaje de suministros enviados a través del Atlántico. La combinación de un mayor tonelaje y una mayor protección naval de los convoyes marítimos hizo mucho más difícil que los submarinos hicieran una mella significativa en el transporte marítimo británico.
Antes del Tipo XXI los submarinos existentes no eran propiamente submarinos, eran sumergibles. Hasta el momento los uboote navegaban siempre en la superficie y solamente podían sumergirse por cortos intervalos de tiempo. Debajo del agua eran lentos y poco maniobrables.
El tipo XXI fue un diseño revolucionario, que superó con creces las esperanzas puestas en él por los diseñadores germanos, y un arma que, si hubiera llegado a tiempo, pudo haber cambiado el curso de la guerra. Tal fue el terror que causó el nuevo diseño en los aliados, que los mismos exigieron a los soviéticos, durante la Conferencia de Yalta en febrero de 1945, que ocupase inmediatamente Danzig, pues allí era donde se producía el 30 por ciento de los nuevos submarinos alemanes (el mismo Churchill, en sus memorias -parte sexta, libro segundo, capítulo XIII-, reconocía que los nuevos submarinos habrían revolucionado la guerra submarina de llegar a tiempo)
Actualmente algunos de los diseños de submarinos (de la tercera generación) están basados en el tipo XXI-A germano de 1944. Así los submarinos ex soviéticos de la clase "Victor", los norteamericanos "Albacore" o "Nautilus", la clase francesa "Narval" o "Daphne", la inglesa "Explorer" e incluso algunos elementos del tipo "Galerna" español disponen de tecnología diseñada hace más de 45 años por ingenieros alemanes.